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La nouvelle évaluation génomique 2015

 Plusieurs changements en même temps

L’évaluation génétique a régulièrement connu des étapes d’amélioration des méthodes et des outils. En 2015, une série d’étapes importantes s’étant succédé rapidement, les indexeurs de l’UMT-3G ont envisagé une évolution majeure dans la méthode d’évaluation génomique des races Holstein, Montbéliarde, Normande et Brune.

Les principales évolutions sont :

• L’augmentation de la taille des populations de référence : la population de référence mâle pour l’établissement des équations de prédiction a été presque multipliée par deux, avec plus de 30 000 taureaux Holstein et autour de 2 500 taureaux Montbéliards et Normands. Pour ces dernières races, l’inclusion des femelles équivaut à multiplier l’effectif de référence par un facteur 2,5 et 1,9 respectivement ;
• Un meilleur suivi des régions du génome impliquées dans les variations génétiques des caractères (QTL) : le modèle d’évaluation considère maintenant jusqu’à 3 000 QTL expliquant 70 à 80% de la variance génétique, au lieu de 500 QTL qui en expliquaient 50% ;
• Une meilleure prise en compte de l’ascendance, avec le passage d’une ascendance pedigree à une ascendance génomique : le suivi de 10 000 marqueurs SNP sur le génome permet d’estimer la part ascendance de l’individu ;
• L’intégration des performances des femelles dans l’évaluation génomique, avec des différences selon les races : pour la Brune et la Holstein, les performances de la vache complètent l’information purement génomique de l’animal lui-même. Pour la Montbéliarde et la Normande, les femelles génotypées contribuent à la population de référence et donc à l’estimation des effets des QTL et des SNP.

 Conséquences : des index bien plus précis

Le nouveau modèle permet de garantir un index fiable que l’animal soit français ou étranger, et que son père soit génotypé ou non. La précision des index, appréciée à travers leur CD, s’est améliorée pour toutes les catégories d’animaux. Pour les jeunes veaux de moins d’un an, la nouvelle méthode permet un gain moyen de 8 à 11 points de CD selon les races, (cf. tableau 1). Pour des caractères faiblement héritables, comme la reproduction, on est maintenant autour de 60 de CD pour des animaux sans performance !

Pour les femelles nées depuis 2007, les index sont également plus précis, avec un gain moyen de 6 à 9 points de CD selon les races, le gain étant plus important pour les races Normande et Montbéliarde qui ont intégré les femelles génotypées dans leur population de référence. Pour les taureaux nés depuis 2006, avec déjà 80 à 100 filles, les gains de CD sont également présents, bien que plus réduits, avec en moyenne +3,5 en Montbéliard, +5 en Normande, et +3 points en Holstein pour les taureaux étrangers.

Comme dans tout grand changement de méthode, on constate des évolutions d’index beaucoup plus fortes que celles constatées classiquement entre deux sorties d’index. Mais ¾ des index des taureaux restent dans une fourchette de 12 points d’ISU autour de l’ancienne valeur, avec autant de baisses que de hausses d’index.
Appliquée aujourd’hui en race Montbéliarde, Normande, Holstein et Brune, cette nouvelle méthode sera testée en races laitières régionales en juin 2015 (Abondance, Tarentaise, Simmental, Vosgienne).