Les étapes de la sélection
La sélection génomique

 Une révolution en marche

L’intégration réussie des avancées de la génomique dans les programmes de sélection français représente un saut technologique déterminant. La taille des populations de référence et dix années d’optimisation des méthodes scientifiques assurent des évaluations génomiques d’une grande fiabilité sur tous les caractères évalués classiquement sur descendance.

La valorisation des informations issues des génotypages (cartographie de l’ADN) permet des progrès génétiques plus importants, une gamme de reproducteurs enrichie et une meilleure précision de l’indexation des caractères les moins héritables. L’évaluation génomique ouvre ainsi de nouvelles perspectives, notamment sur la sélection des aptitudes fonctionnelles.

 La France parmi les leaders mondiaux

La France a été l’un des premiers pays dont les méthodes d’évaluation génomique ont été officiellement validées au plan international par Interbull.

Cette place à la pointe de la sélection génomique est le fruit d’une collaboration étroite et de longue date entre membres de France Génétique Elevage. Elle associe actuellement la fédération nationale des entreprises de sélection (l’UNCEIA), les entreprises de sélection, l’Institut de l’Elevage et l’INRA pour la recherche fondamentale.

A partir de 2001, les programmes des races Holstein, Montbéliarde et Normande ont été optimisés (tri des candidats avant la mise en testage,…) avec l’intégration des premières avancées confirmées de la génomique.

Grâce à l’intégration continue d’innovations technologiques, les informations génomiques ont été utilisées dès 2008 à toutes les étapes des programmes de sélection : choix des pères et mères à taureaux, tri des mâles avant entrée en station d’élevage, sélection des taureaux à diffuser par insémination...

En juin 2009, l’accès à cette nouvelle génération d’informations génétiques a été ouvert à tous les éleveurs, avec la publication officielle des premiers index génomiques de taureaux de race Holstein, Montbéliarde et Normande.

Tous les caractères évalués habituellement sur descendance bénéficient maintenant d’une évaluation génomique : production laitière (quantité et qualité du lait), morphologie des animaux et fonctionnalités (aptitudes permettant de réduire les coûts de production : fertilité femelle, résistance aux mammites…).

 Une méthode d’évaluation optimisée

La méthode d’évaluation génomique française est très largement optimisée, grâce à la précision des évaluations sur descendance et des investissements méthodologiques importants. La fiabilité des index génomiques est assurée par la très grande taille des populations françaises de référence : 1 250 taureaux pour la race Normande, 1 500 pour la race Montbéliarde et 18 300 pour la race Holstein dans le cadre du projet Eurogenomics.

Depuis 2009 et à l’initiative de l’UNCEIA, les principales entreprises européennes de sélection de la race Holstein se sont associées pour mettre en commun les données de leurs populations de référence (projet Eurogenomics).

Plus de 18 000 taureaux Holstein à la fois génotypés et évalués sur descendance (19 millions de filles contrôlées) constituent cette vaste population de référence. Unique par sa taille, elle repose sur la meilleure génétique disponible en Europe et en Amérique du Nord.

Même si les méthodes d’évaluation sont toujours propres à chaque pays, les partenaires d’EuroGenomics utilisent désormais une population de référence commune. Elle permet de gagner 10% de précision par rapport à une évaluation génomique basée sur une population de référence nationale.

 Une offre enrichie pour une meilleure durabilité

Grâce aux technologies génomiques, les programmes de sélection français proposent une gamme élargie de taureaux performants et bénéficiant d’index plus précis pour les aptitudes fonctionnelles. Ils offrent de nouvelles perspectives en termes de progrès génétique sur ces caractères, déterminants pour la durabilité des systèmes d’élevage.

A l’offre classique de taureaux testés sur descendance s’ajoute celle issue de la sélection génomique des trois principales races laitières françaises. 

En race Holstein, l’éventail de taureaux présente une importante diversité génétique après une longue période dominée par les fils d’un très petit nombre de pères. Les profils proposés sont adaptés à des objectifs variés : amélioration de la production laitière, de la morphologie, ou des caractères fonctionnels.

Cette gamme constituée de reproducteurs avec Index global de synthèse (ISU) élevé comporte aussi des taureaux avec d’autres critères recherchés (couleur rouge, sans cornes…).

Les races Montbéliarde et Normande bénéficient elles aussi d’une gamme enrichie de nouveaux taureaux, avec des pedigrees récents et des profils mettant en valeur les caractéristiques de mixité de ces deux races (bon rapport des taux, longévité, résistance aux mammites).

 Sélection à grande échelle d’un gène majeur en espèce ovine

Le Plan National d’Amélioration Génétique pour la Résistance à la Tremblante de toutes les races ovines françaises constitue un exemple unique de sélection à très grand échelle d’un gène majeur : le gène PrP qui confère une résistance plus ou moins importante à la maladie de la Tremblante.

Grâce à plus de 670 000 génotypages d’ovins en 6 ans, l’action porte sur l’exclusion des reproducteurs porteurs des allèles de sensibilité (VRQ et AHQ) de ce gène et la diffusion de ceux portant l’allèle de résistance (ARR).

Les résultats sont probants. Depuis 2008, aucun bélier actifs des élevages de la base de sélection des races ovines à viande ne possède l’allèle VRQ d’hypersensibilité à la tremblante. Près de 95 % y sont résistants (génotype ARR/ARR).

 Des acquis et de nouvelles perspectives

Les autres races laitières ainsi que les races à viande, les espèces ovine et caprine vont bientôt bénéficier des acquis de la révolution génomique.

Grâce à l’expérience acquise et à des programmes de recherche scientifique de grande ampleur, les évaluations génomiques seront étendues à des nouveaux critères ne pouvant être pris en compte dans les programmes de sélection classiques : composants fins du lait ayant des effets bénéfiques ou négatifs sur la santé humaine (acides gras…), résistance aux maladies, qualité de la viande (tendreté, persillé, flaveurs…), ….

Le préalable indispensable à l’élaboration de formules précises de prédiction est de disposer d’une population de référence d’animaux génotypés sur lesquels ces caractères spécifiques auront aussi été mesurés.

C’est l’objectif de programmes menés par l’INRA, l’UNCEIA, des entreprises de sélection et l’Institut de l’Elevage, tels que :

• Phénofinlait (analyse la composition fine du lait de 20 000 vaches, chèvres et brebis génotypées)
• Qualvigène (analyse de la qualité de viande de plus de 3 000 jeunes bovins génotypés).

Comme pour les races Holstein, Montbéliarde et Normande, les reproducteurs de nouvelle génération des races concernées ne seront cependant mis sur le marché qu’une fois la fiabilité de leur évaluation génomique éprouvée et reconnue au plan international. Notre exigence de qualité est à ce prix.